DSLM multi-view time-lapse recording of zebrafish
作者:tsai 日期:2008-11-16
最新發展的 digital scanned laser light sheet fluorescence microscopy (DSLM) 可以追蹤斑馬魚發育過程細胞核的動態變化
1.
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The wild-type zebrafish embryo was injected with H2B-eGFP mRNA at the one cell stage. Imaging was started in the 64-cell stage. The entire data set consists of 1,226 time points, recorded in 90 s intervals. At each time point, 370 images with 2048 x 2048 pixels each were recorded with a z-spacing of 2.96 µm. The entire data set comprises 453,620 images (3.5 TBytes). The images were deconvolved with the Lucy-Richardson-algorithm (10 iterations) and normalized for constant overall intensity, thus compensating for the increasing intensity over time due to GFP expression. Detection lens: Carl Zeiss C-Apochromat 10x/0.45 W.
2.
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The movie shows an orthographic rendering of the digital embryo obtained from the microscopy data shown in Movie 2. In each frame, the reconstructions at ten time points, corresponding to a time interval of 15 min, are superimposed to indicate the nuclear movement directions. The darker shading corresponds to older time points. The colour-code indicates the current movement speed of each nucleus. A bright orange corresponds to an average movement speed of 1.2 µ...
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播放視頻文件The wild-type zebrafish embryo was injected with H2B-eGFP mRNA at the one cell stage. Imaging was started in the 64-cell stage. The entire data set consists of 1,226 time points, recorded in 90 s intervals. At each time point, 370 images with 2048 x 2048 pixels each were recorded with a z-spacing of 2.96 µm. The entire data set comprises 453,620 images (3.5 TBytes). The images were deconvolved with the Lucy-Richardson-algorithm (10 iterations) and normalized for constant overall intensity, thus compensating for the increasing intensity over time due to GFP expression. Detection lens: Carl Zeiss C-Apochromat 10x/0.45 W.
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播放視頻文件The movie shows an orthographic rendering of the digital embryo obtained from the microscopy data shown in Movie 2. In each frame, the reconstructions at ten time points, corresponding to a time interval of 15 min, are superimposed to indicate the nuclear movement directions. The darker shading corresponds to older time points. The colour-code indicates the current movement speed of each nucleus. A bright orange corresponds to an average movement speed of 1.2 µ...
Ingelfinger rule
作者:tsai 日期:2008-07-19
PRS 2008 paper
作者:tsai 日期:2008-07-03
Garrett Lisi --- 衝浪其實沒什麼不好
作者:tsai 日期:2008-03-27
看起來另類並不代表不成材, 這是傳統父母一直無法理解的事. 時代真的不同了, Garrett Lisi 提出不錯的物理萬有理論, 幫大家證明這一點!! 上面不是囚犯照, 當然故事本身很炫, 你可以找到他衝浪, 滑雪, 滑板的照片, 更令你瞠目結舌. 雖然, 可能他的理論是錯的, 不過真的蠻鮮的. 我一直覺得21世紀了, 不能老是學者都坐在辦公室, 研究室裏, 那代表時代沒有長進.
Garrett Lisi 告訴我們一件事: 衝浪其實沒什麼不好. 遊戲/休閒中可以讓人遠離無聊的瑣事, 放鬆腦筋, 當然比愛因斯坦窩在專利局更好. 所以下次別瞧不起路上所謂另類的咖!!
他發現一個萬有理論, 目前看來還不錯, 當來還需要歐洲那一台大型電玩LHC的實驗證實
但是 現在Who care??
戲劇性已經超越理論本身, 他的數學甚至不難. 唉, 重點在創意嘛, 自認新新人類的人一起加油!!
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2重複
作者:tsai 日期:2008-03-20
2重複
作者: 蔡豐州醫師 (版權所有)
雖然[歷史專門研究所有不會重複的事](Paul Valery所述), 可是我們都希望過去的錯誤能當做借鏡, 減少未來出錯的可能, 似乎也是我們受教育一部分的原因.
1914年6月28日是人類歷史上最長的一日!!
1914年6月28日上午11點, 一個陰錯陽差的戲劇化場景事件導致了第一次世界大戰, 造成1000萬人死亡. 那是一個Sarajevo(塞拉耶佛)的晴朗日子, 特別適合出遊. 一位載著兩名乘客的轎車司機因為判斷錯誤, 轉錯了彎, 進到一條死巷, 其實這種錯誤,也許是稀鬆平常, 大不了倒車就好. 他們也只不過想去市政府參加歡迎典禮, 一個"簡單"的行程!! 不過, 這一刻, 轎車剛好停在一位19 歲波斯尼亞 塞爾維亞學生Gavrilo Princip的前面, 他身為塞爾維亞恐怖組織Black Hand的成員, 這位年輕人簡直不敢相信, 居然這麼好運. 他不急不徐走向轎車, 從口袋裡掏出一把手槍, 扣了兩次板機. 就這樣不到30分鐘, 車裏兩名乘客, 也就是奧匈帝國的裴迪南大公和他的妻子當場斃命.
Black Hand的封印--- 很多組織都是建立在一群人的自我主體價值上, 難以動搖, 非常狂熱, 局部觀有其正當性, 但是宏觀來說, 往往傷害更多的人而不自知. 套句杜思妥也夫斯基的妙語: [無論好壞, 有時候破壞的感覺真的很好.] 一旦深陷某些團體與組織, 身不由己是常見的原因, 群眾甚至推著您走, 進退兩難.
單一事件只是所有潛在問題的引爆點, 導火線.
第一次世界大戰的導火線就是如此奇妙, 2顆, 比台灣總統大選的兩顆子彈影響更大, 奧, 俄, 德, 法, 英, 土耳其等國通通被捲入戰火.
沒有人喜歡偶發事件, 因為不確定因素太多, 同樣的, 不管喜不喜歡科學, 我們出社會做事情, 都是學習在腦中推演可能的情況, 避免不好的因素, 來加以做出最適判斷. 我們當然相信,&a...
作者: 蔡豐州醫師 (版權所有)
雖然[歷史專門研究所有不會重複的事](Paul Valery所述), 可是我們都希望過去的錯誤能當做借鏡, 減少未來出錯的可能, 似乎也是我們受教育一部分的原因.
1914年6月28日是人類歷史上最長的一日!!1914年6月28日上午11點, 一個陰錯陽差的戲劇化場景事件導致了第一次世界大戰, 造成1000萬人死亡. 那是一個Sarajevo(塞拉耶佛)的晴朗日子, 特別適合出遊. 一位載著兩名乘客的轎車司機因為判斷錯誤, 轉錯了彎, 進到一條死巷, 其實這種錯誤,也許是稀鬆平常, 大不了倒車就好. 他們也只不過想去市政府參加歡迎典禮, 一個"簡單"的行程!! 不過, 這一刻, 轎車剛好停在一位19 歲波斯尼亞 塞爾維亞學生Gavrilo Princip的前面, 他身為塞爾維亞恐怖組織Black Hand的成員, 這位年輕人簡直不敢相信, 居然這麼好運. 他不急不徐走向轎車, 從口袋裡掏出一把手槍, 扣了兩次板機. 就這樣不到30分鐘, 車裏兩名乘客, 也就是奧匈帝國的裴迪南大公和他的妻子當場斃命.
Black Hand的封印--- 很多組織都是建立在一群人的自我主體價值上, 難以動搖, 非常狂熱, 局部觀有其正當性, 但是宏觀來說, 往往傷害更多的人而不自知. 套句杜思妥也夫斯基的妙語: [無論好壞, 有時候破壞的感覺真的很好.] 一旦深陷某些團體與組織, 身不由己是常見的原因, 群眾甚至推著您走, 進退兩難. 單一事件只是所有潛在問題的引爆點, 導火線.
第一次世界大戰的導火線就是如此奇妙, 2顆, 比台灣總統大選的兩顆子彈影響更大, 奧, 俄, 德, 法, 英, 土耳其等國通通被捲入戰火.
沒有人喜歡偶發事件, 因為不確定因素太多, 同樣的, 不管喜不喜歡科學, 我們出社會做事情, 都是學習在腦中推演可能的情況, 避免不好的因素, 來加以做出最適判斷. 我們當然相信,&a...
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資料狂的信仰
作者:tsai 日期:2008-02-23
資料狂的信仰
作者: 蔡豐州醫師
Henri Poincare 龐加萊:[Science is built up of facts, as a house is bulit up of stones.
But an accumulation of facts is no more a science than a heap of stones is a house.]
這是宣告資料已經恐怖到無以附加地步, 而不是歌頌資料有多重要的文章!!
我曾經想過ㄧ個虛擬的故事: 21世紀的某人早上醒來, 如同許多人的例行習慣, 坐到電腦前面, 上網搜尋資料, 查到一篇自以為很有用的文章. 仔細拜讀之後, 讚嘆它的創見, 分析方法與邏輯時, 赫然發現, 下面它所引用的文章(references)裡, 居然有一篇是自己多年前惡作劇虛構的文章,.....
記得Conan Doyle 所著的 福爾摩斯全集(Sherlock Holmes stories)裏頭, "The Adventure of the Copper Beeches"ㄧ書提到一段對白:
[ Data!Data!Data! ] he cried impatiently.
[ I can't make bricks without clay. ]
福爾摩斯沒有耐心的哭喊要求資料, 否則他就比喻成沒有黏土無法砌磚, 這和前言所引用大數學家龐加萊的前半段比喻說法...
作者: 蔡豐州醫師
Henri Poincare 龐加萊:[Science is built up of facts, as a house is bulit up of stones. But an accumulation of facts is no more a science than a heap of stones is a house.]
這是宣告資料已經恐怖到無以附加地步, 而不是歌頌資料有多重要的文章!!
我曾經想過ㄧ個虛擬的故事: 21世紀的某人早上醒來, 如同許多人的例行習慣, 坐到電腦前面, 上網搜尋資料, 查到一篇自以為很有用的文章. 仔細拜讀之後, 讚嘆它的創見, 分析方法與邏輯時, 赫然發現, 下面它所引用的文章(references)裡, 居然有一篇是自己多年前惡作劇虛構的文章,.....
記得Conan Doyle 所著的 福爾摩斯全集(Sherlock Holmes stories)裏頭, "The Adventure of the Copper Beeches"ㄧ書提到一段對白:
[ Data!Data!Data! ] he cried impatiently.
[ I can't make bricks without clay. ]
福爾摩斯沒有耐心的哭喊要求資料, 否則他就比喻成沒有黏土無法砌磚, 這和前言所引用大數學家龐加萊的前半段比喻說法...
Brownian motion, Stochastic process
作者:tsai 日期:2008-01-21
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