蔡豐州醫師整形風網站(www.medi-life.com.tw)

DSLM multi-view time-lapse recording of zebrafish

your@mail.com(tsai) — Sun,16 Nov 2008 15:24:47 +0800

最新發展的 digital scanned laser light sheet fluorescence microscopy (DSLM) 可以追蹤斑馬魚發育過程細胞核的動態變化
1.

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The wild-type zebrafish embryo was injected with H2B-eGFP mRNA at the one cell stage. Imaging was started in the 64-cell stage. The entire data set consists of 1,226 time points, recorded in 90 s intervals. At each time point, 370 images with 2048 x 2048 pixels each were recorded with a z-spacing of 2.96 µm. The entire data set comprises 453,620 images (3.5 TBytes). The images were deconvolved with the Lucy-Richardson-algorithm (10 iterations) and normalized for constant overall intensity, thus compensating for the increasing intensity over time due to GFP expression. Detection lens: Carl Zeiss C-Apochromat 10x/0.45 W.

2.

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The movie shows an orthographic rendering of the digital embryo obtained from the microscopy data shown in Movie 2. In each frame, the reconstructions at ten time points, corresponding to a time interval of 15 min, are superimposed to indicate the nuclear movement directions. The darker shading corresponds to older time points. The colour-code indicates the current movement speed of each nucleus. A bright orange corresponds to an average movement speed of 1.2 µm/min or more, while a bright cyan highlights effectively non-migratory nuclei. Intermediate speeds are shown by linear interpolation along the colour gradient.

3.

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DSLM time-lapse recording of zebrafish embryogenesis in the animal hemisphere
The movie shows maximum-intensity projections of a DSLM time-lapse recoding of zebrafish embryonic development, with a view on the animal hemisphere. The wild-type zebrafish embryo was injected with H2B-eGFP mRNA at the one cell stage. Imaging was started at 1.6 hours post fertilization, during the transition from the 32- to the 64-cell stage. The entire data set consists of 1,470 time points, recorded in 60 s intervals. For each time point, 205 images with 2048 x 2048 pixels each were recorded within 30 s with a z-spacing of 2.96 µm (i.e. a 600 µm deep volume). The entire data set comprises 301,350 images (2.3 TBytes). The images were deconvolved with the Lucy-Richardson-algorithm (20 iterations) and normalized for constant overall intensity, thus compensating for the increasing intensity over time due to GFP-production. Since the illumination laser beam has to travel through the yolk in order to excite fluorophores on the far left side of the animal hemisphere, the average nuclear brightness is lower in this part of the embryo. However, because of the excellent signal-to-noise ratio and the dynamic range of 14 bit of the DSLM images, the corresponding nuclei can also be robustly identified (see Figure S5). Detection lens: Carl Zeiss C-Apochromat 10x/0.45 W.

4. 論文--- 點選下載此文件

Ingelfinger rule

your@mail.com(tsai) — Sat,19 Jul 2008 18:31:05 +0800

Ingelfinger rule

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PRS 2008 paper

your@mail.com(tsai) — Thu,03 Jul 2008 13:22:57 +0800

Feng-chou Tsai et al.,
Selective neurectomy of the gastrocnemius and soleus muscles for calf hypertropy.
Plast. Recontr. Surg. 122, 178 (2008) 點選下載此文件

Garrett Lisi --- 衝浪其實沒什麼不好

your@mail.com(tsai) — Thu,27 Mar 2008 20:13:34 +0800

看起來另類並不代表不成材, 這是傳統父母一直無法理解的事. 時代真的不同了, Garrett Lisi 提出不錯的物理萬有理論, 幫大家證明這一點!!

上面不是囚犯照, 當然故事本身很炫, 你可以找到他衝浪, 滑雪, 滑板的照片, 更令你瞠目結舌. 雖然, 可能他的理論是錯的, 不過真的蠻鮮的. 我一直覺得21世紀了, 不能老是學者都坐在辦公室, 研究室裏, 那代表時代沒有長進.

Garrett Lisi 告訴我們一件事: 衝浪其實沒什麼不好. 遊戲/休閒中可以讓人遠離無聊的瑣事, 放鬆腦筋, 當然比愛因斯坦窩在專利局更好. 所以下次別瞧不起路上所謂另類的咖!!
他發現一個萬有理論, 目前看來還不錯, 當來還需要歐洲那一台大型電玩LHC的實驗證實
但是現在Who care??
戲劇性已經超越理論本身, 他的數學甚至不難. 唉, 重點在創意嘛, 自認新新人類的人一起加油!!
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2重複

your@mail.com(tsai) — Thu,20 Mar 2008 19:42:00 +0800

                                                           2重複

                                                                       作者: 蔡豐州醫師 (版權所有)

雖然[歷史專門研究所有不會重複的事](Paul Valery所述), 可是我們都希望過去的錯誤能當做借鏡, 減少未來出錯的可能, 似乎也是我們受教育一部分的原因.

1914年6月28日是人類歷史上最長的一日!!

1914年6月28日上午11點, 一個陰錯陽差的戲劇化場景事件導致了第一次世界大戰, 造成1000萬人死亡. 那是一個Sarajevo(塞拉耶佛)的晴朗日子, 特別適合出遊. 一位載著兩名乘客的轎車司機因為判斷錯誤, 轉錯了彎, 進到一條死巷, 其實這種錯誤,也許是稀鬆平常, 大不了倒車就好. 他們也只不過想去市政府參加歡迎典禮, 一個"簡單"的行程!! 不過, 這一刻,  轎車剛好停在一位19 歲波斯尼亞塞爾維亞學生Gavrilo Princip的前面, 他身為塞爾維亞恐怖組織Black Hand的成員, 這位年輕人簡直不敢相信, 居然這麼好運. 他不急不徐走向轎車, 從口袋裡掏出一把手槍, 扣了兩次板機. 就這樣不到30分鐘, 車裏兩名乘客, 也就是奧匈帝國的裴迪南大公和他的妻子當場斃命.

Black Hand的封印--- 很多組織都是建立在一群人的自我主體價值上, 難以動搖, 非常狂熱, 局部觀有其正當性, 但是宏觀來說, 往往傷害更多的人而不自知. 套句杜思妥也夫斯基的妙語: [無論好壞, 有時候破壞的感覺真的很好.]  一旦深陷某些團體與組織, 身不由己是常見的原因, 群眾甚至推著您走, 進退兩難.

單一事件只是所有潛在問題的引爆點, 導火線.

第一次世界大戰的導火線就是如此奇妙, 2顆, 比台灣總統大選的兩顆子彈影響更大, 奧, 俄, 德, 法, 英, 土耳其等國通通被捲入戰火.

沒有人喜歡偶發事件, 因為不確定因素太多, 同樣的, 不管喜不喜歡科學, 我們出社會做事情, 都是學習在腦中推演可能的情況, 避免不好的因素, 來加以做出最適判斷. 我們當然相信, 過去就讓它過去, 人要往前看, 要積極進取正面, 但是, 實在從哪個角度來看, 尤其是[本質]這件事的角度, 很難排除重複的機率.

這是數學"條件機率"的概念!!

意外的重複其實是有預防方法的. 怎麼說? 生物界演化的"意外"是突變, 這從兩個角度來看, 有正面意義, 可以演化出更優秀的物種; 也有負面, 也就是產生適應條件較差的物種, 甚至癌症都是. 當然負面的意外通常都逃不過環境的篩選, 導致意外的解除, 這在演化上稱作 凍結意外(frozen accidents) .

我早期投身學運, 看到的是當下累積許久台灣的族群傾軋與不民主, 自然會有相當程度的動力驅使改革的想望. 但是時代畢竟是改變的, 現在的台灣人民會因為社經條件不同產生不同的壓力引爆點, 這是不容忽視的趨勢, 無法老是用過去來解釋或是阻止.

藍綠終究只是圖騰, 內涵才是重點, 我們已經度過了初期茅塞未開, 混沌期. 人文歷史學家Isaiah Berlin曾說:[偉大解放的思想, 不可避免的, 它們最終必會變成令人窒息的枷鎖.] 所有輝煌與骯髒都成為歷史, 但是面對未來, 過去不足恃, 不是武器也不是包袱, 我們需要前瞻的進步作為.

人類歷史如果是進步史的話, 我們只能從犯較少錯的角度出發, 讓事物的循環邁入正軌, 而非一灘死水, 不流動的汙水. 我們都希望終結凍結台灣現今的停滯, "凍結意外", 只是人民逐漸陷入一種迷惘, 不知道誰說的是真的, 真假對錯是非模糊的情況下, 這塊土地慢慢進入了壓力鍋, 不知道何時掀開或是宣洩的臨界點.

政治到了這般田地, 真是悲哀, 完全無法科學量化質化, 只能訴諸整個社會成熟度的投票. 我們其實也沒有悲哀的權利, 畢竟整個社會與國家是我們自己塑造的, 條件不夠, 如同時機未到, 勉強也是惘然.

務實一點, 我們也不會想最近有一天睡覺醒來, 中國突然改成民主自由選舉的開明政府一樣, 歷史的上沖下洗實在急不得.

我們能做的, 也許只是避免惡性循環, 避免不良的重複, 就如同工廠的瑕疵品, 放在那裡, 其實變好的機率是渺茫的.

我也曾經是狹隘的百合學運組織中的一員, 大家聚在一起, 為了一個中心思想, 綁在一起, 不容逃脫, 進退兩難, 好在當時時空是相對正確的, 理想性有了正當化的結局. 如今每個生活在逐漸令人不耐與不可思議的地方, 到處可見低俗粗鄙語言的政治官員, 形象不佳的立法委員, 勇氣只淪於嘴巴, 我們的選擇變少, 失落變多, 結果, 只能靠"意外", 靠不小心選到好的人來帶領這個蘊育我們的家園.

也許考驗我們整體成熟度與智慧的時候到了, 無論什麼意外, 都應該坦然接受, 因為這是基於我們大多數人水平與教養選出的結論, 不必怨天尤人, 歷史也許無法預測, 但是似乎有些事情是無法強求的, 順勢利導, 盼望台灣未來能更好, 不再意外的沉淪.

尼采說: [ "真相都很簡單" 這句話本身不就是一個複雜的謊言??] 任何的說法(電視, 報紙, 造勢場合....)聽聽就好, 施政績效/兩岸/兩黨,..的變數都很多, 看樣子, 結果真的靠歷史的意外!! 沒有人有把握.

什麼, 把握? 您會說: [蔡醫師您剛出社會嗎?]

2重複的科學!!

CHAOS

your@mail.com(tsai) — Mon,25 Feb 2008 08:46:21 +0800

資料狂的信仰

your@mail.com(tsai) — Sat,23 Feb 2008 15:39:44 +0800

資料狂的信仰

作者: 蔡豐州醫師

Henri Poincare 龐加萊:[Science is built up of facts, as a house is bulit up of stones.
But an accumulation of facts is no more a science than a heap of stones is a house.]

這是宣告資料已經恐怖到無以附加地步, 而不是歌頌資料有多重要的文章!!

我曾經想過ㄧ個虛擬的故事: 21世紀的某人早上醒來, 如同許多人的例行習慣, 坐到電腦前面, 上網搜尋資料, 查到一篇自以為很有用的文章. 仔細拜讀之後, 讚嘆它的創見, 分析方法與邏輯時, 赫然發現, 下面它所引用的文章(references)裡, 居然有一篇是自己多年前惡作劇虛構的文章,.....

記得Conan Doyle 所著的福爾摩斯全集(Sherlock Holmes stories)裏頭, "The Adventure of the Copper Beeches"ㄧ書提到一段對白:
[ Data!Data!Data! ] he cried impatiently.
[ I can't make bricks without clay. ]

福爾摩斯沒有耐心的哭喊要求資料, 否則他就比喻成沒有黏土無法砌磚, 這和前言所引用大數學家龐加萊的前半段比喻說法--- 蓋房子需要石頭類似.
偵探福爾摩斯需要data資料, 數據, 線索來做出判斷, 估計, 現代的鑑識專家李昌鈺也是. 我們也需要嗎?
我寫了個廢話提問, 答案當然是肯定的.
不過資料在21世紀, 資料不是太少, 而是太多, 太雜, 不容易分析. 這也是我引用於前言的 Henri Poincare 龐加萊:[............But an accumulation of facts is no more a science than
a heap of stones is a house.] 後半段的重點: "資料事實的累積不是科學, 正如堆石頭不等同於蓋房子一樣".
20世紀他就有這種感想, 21世紀更是如此.

現代資料已經蒙塵, 甚至覆雪, 就像同ㄧ座福爾摩斯的雕像, 只是披著厚重的雪一樣.

打開網路搜尋, 您可以免費輕鬆找到似是而非, 不知真假的大量資料. 但是您真正想找的, 或是接近正確的, 卻沒有人幫助您分析, 反而找到更多需要判斷的資料, 增加更多的時間心力的付出, 轉移了注意力的另ㄧ層意義就是分心, 無法專注原本過去自啟蒙時代所追求的獨立思考判斷.
人的獨立彷彿建立在一個地基鬆動的基礎上.

每個人離不開資料與數據, 舉例來說: 開業醫每天看門診量, 業績, 開刀量, 比較同行的價錢,... 近來多ㄧ項網站的瀏覽量, 或是發問數. 那大醫院的醫師就不同嗎? 看起來也是如此, 只不過依照職位階級不同, 職位越高, 資料數據越多, 越是眼花撩亂.
做研究的, 看到一堆實驗數據, 論文, 更是頭大, 數據本身沒有解讀, 不過是一坨數字而已; 論文沒有吸收, 分析, 判斷, 怎麼知道哪個重要, 哪個造假, 哪個仍有爭議.

Data analysis, processing目前看來還是得自己做, 而且比起19, 20世紀的人更累, 更需要方法. 可是, 學校卻沒有教. 因此在我看來, 現實社會只給smart到可以自修的聰明人或運氣好唸到正確專業學科的人機會, 其他人呢? 只能碰更少的機會, 來做正確的事.

應付眼前的資料, 人有一些做法和心態:
(1) 削足適履: 成語: "削足適履"是大學裡常做的勾當, "必要之惡". 看起來不正確的, 不恰當的, 不符合預期的, 通通幹掉, 刪掉, 當作誤差, 偏差.
(2) 掩耳盜鈴: 裝做沒看見, 讓錯誤擴大, 比如說, 生物實驗有許多半定量的儀器, 其所測出來的數據本來就有爭議, 再用統計分析, 尤其是不正確的方法(常見是把不會正常分布的樣本通通當作一樣的理想模式), 無疑再將其擴大.
(3) 物以類聚: 因問大家的能力有限, 所以我們會和類似的人做相近的事, 然後再反覆催眠這一群人, 大家做的事沒錯, 而且行之多年, 也沒什麼壞處, 和另ㄧ個族群接觸變得保守, 甚至排斥. 所以推導出另ㄧ個成語: [積非成是].
物理學家費曼說:[The job of a scientist is to listen carefully to nature, not to tell nature how to behave.] 愛因斯坦也說類似的話:[Mathematics are well and good but nature keep dragging us around by the nose.]
(4) 自食惡果: 這個情形就如同我再文章開頭所虛構的故事一樣, 人類許多知識, 甚至形為誤用資料, 誤用科學, 就會產生自己也無法收拾的局面.

舉一個常見, 比較貼近真實的狀況就是: 政治. 政治需要資料, 就會用到分析工具, 最常見的就是統計. 但是預測的誤用, 八卦或是小道消息的濫用, 不會使得社會國家更好, 只會更亂. 連偉大的護士南丁格爾(Florence Nightingale, 1820 to 1910)都誤以為:[若想了解上帝在想什麼, 就必須學統計. 因為統計學就是在測量祂的旨意.]（她為了英軍在戰地報告護理成果, 還發明了統計上的"圓餅圖") 不過至少她比起台灣的一些政治家, 宗教家, 慈善家懂得一點科學, 而不是只會綠卡, 抓耙仔等無聊口水, 或是告訴大家只要相信虛無.

南丁格爾的圓形圖

信仰並非宗教的權利, 即使篤信科學, 仍舊會有成見, 既有的觀念需要突破. 因此, 資料狂的信仰應該是客觀, 獨立, 自主, 創新的, 而不是原地踏步, 影印機, 讀稿機式的機器人.
信不信? 如何信? 信什麼? 也許是未來科技需要努力改善的課題.

身為醫師的我, 可能已經變成研究資料狂. 自己都成為資料, 離散型(Discrete)的分析資料.

Brownian motion, Stochastic process

your@mail.com(tsai) — Mon,21 Jan 2008 12:53:27 +0800

點選下載此文件 Einstein article, 1905
不錯的電子書:
1, 點選下載此文件 An Introduction to Stochastic Differential Equations
2, 點選下載此文件 Introduction to the theory of stochastic processes and Brownian motion problems
3, 點選下載此文件 Probability and Stochastic Processes with Applications

張量(tensor)最好的概念敘述文章: 點選下載此文件
Tensor進階文章: 點選下載此文件

生醫光電

your@mail.com(tsai) — Tue,15 Jan 2008 12:50:44 +0800

阿卡奇亞醫生的譴責

your@mail.com(tsai) — Mon,03 Dec 2007 18:46:19 +0800

                                         阿卡奇亞醫生的譴責

                                                                作者: 蔡豐州醫師 (版權所有)

[夫謗與譽，非君子所恤也，適於義而已矣.] ---- 王荊公<<與杜醇書>>

毎個人, 對於所謂褒貶, 對錯, 其實自有一套準繩, 只不過選擇相信哪一種說法的人多而已.

我實在是有感而發, 感觸良多!!

18世紀, 伏爾泰因為個人恩怨(因為當時他, 莫沛特和一位女子以及她的老公陷入四角戀愛, 比壹週刊寫得更勁爆吧!! 比起現代真的不惶多讓), 把對於法國物理學家莫沛特的仇恨, 寫成一本冊子就叫做<<阿卡奇亞醫生的譴責>>(這比起台灣政治抹黑文宣高明很多倍, 所謂"小本的", 後來被焚毀了, 真可惜??). 其內容據歷史考據, 極盡諷刺挖苦之能事, 把莫沛特這個科學家寫成瘋子一般, 比如說這位科學家倡導研究離心力可以治療中風, 環鋸人體以研究靈魂, 用數學公式證明上帝的存在, 活體解剖蟾蜍來了解幾何學等等, 指桑罵槐, 罵所有科學家窮極無聊. 因此教宗的醫師阿卡奇亞被召來治療這個"發瘋"的科學家, 當然串通好的這群人所找來的醫師, 判定他沒救了, 請求宗教大審把他逐出教會.

這是伏爾泰的畫像. 我很想忍住不批評這位大家公認的才子, 偉人, 思想家....等等, 不過實在是人紅了之後, 連肖像都被畫得比莫沛特好看(見下圖), 唉!!

解釋權在誰手上, 誰就有主導權. 通常資深, 權力大, 職位高者, 往往整碗捧去, 別人不容置喙. 即使到了21世紀, 上述擁有者依舊, 只不過加上新興媒體則是日益膨脹的霸權. 不過反過來想, 權位高, 被罵得往往也很慘, 毛澤東, 蔣中正都是, 所以毛講出:[為有犧牲多壯志, 敢教日月換新天.] 這類抒發豪情兼自我安慰的話, 否則天天被那麼多人譴責, 真會瘋掉, 裝做沒聽到或通通槍斃也不是辦法.

伏爾泰因為出名, 是名作家, 號稱"西方的孔子"(哇!), 活得也久(84歲), 所以被他諷刺+暗喻+"點名"的人真是百口莫辯, 甚至是笑柄, 超可憐悽慘, "電"很久, 最後因為"臉皮薄", 避居到瑞士, 抑鬱而終. 但是莫沛特(Pierre de Maupertuis)是誰呢? 我想很多人沒聽過, 其實在歷史上, 他的定位比伏爾泰這個花花公子, 能言善道的"宣傳"文學家, 要好, 他可是[最小作用量定理](principle of least action)的倡導者, 只是因為文學實在是比較通俗親民, 伏爾泰容易為人所認識.

莫沛特(Pierre de Maupertuis)---- 科學家好沉思, 冷靜, 低調的個性往往會吃悶虧!! 莫沛特是最好的借鏡.

更諷刺的是, 伏爾泰自己寫過另一本哲理小說<<憨第德>>, 描述一個年輕人儘管經歷世界許多殘酷的試煉, 但是他始終相信苦難是為了更好的將來而承受, 他還是活在一個最好的世界. 樂觀, 被伏爾泰極端化之後, 書寫成好笑的, 尤其是和現實生活成強烈對比, 不合時宜, 迂腐愚蠢.

這暗示什麼? 人得現實一點, 永遠為最壞作打算?! 伏爾泰真的是"吃人夠夠", 正反都被他講光了.

類似的"互咬"情況, 大哲學家羅素也攻擊過 "超級賽亞人"-- 全才數學家龐加萊, 只不過沒得逞, 龐加萊的天才戰力太強. 文人相輕自古皆然, 尤其我後來研讀歷史, 才赫然發現科學家更容易被哲學家攻訐, 主要是有些基礎科學太過深奧, 不要說ㄧ般人, 專家也不易了解.

此張稀有照片是1911年於Silvay Congress所拍攝, 數學全才龐加萊(Henri Poincare, 1854-1912, 照片前排和 Marie Curie 討論, 滿臉鬍子的人, 隔年他就過世了), 他的名字唸起來就是說不上來哪裏怪怪的??? 注意到沒, 那時候剛嶄露頭角的愛因斯坦, 和當時如日中天, 天才思想在各科學領域"無孔不入"的龐加萊比起來, 只能站在右後排, 紳士"溫和"的笑著......or 嘿嘿嘿

你會說, 這些攻訐行徑有什麼稀奇, 每個人都嘛學乖, 早就算是[公民常識]囉.

一個醫師面對醫療, 除了盡力, 其餘的解釋權, 在今天, 成為一個逐漸弱勢的族群. 年輕一輩必須體認, 我們宛若變身怪醫, 面對醫療的當口, 是傑克爾(Jekyll)的良善好醫師; 但是面對壓迫污蔑的不合理處境時, 我們又被迫成為海德(Hyde) , 捍衛自己專業與公義的自尊, 因為我們得自己站起來, 儘管在旁觀者的印象記憶裏, 會連不太起來這兩種極端形象.
該做的事得有人堅持, 至少號稱最後防線的正統外科醫師可不能變成軟腳蝦!! 惡例ㄧ開, 沒完沒了.

   醫師得喝什麼才會變身, 配方因人而異, 必須好好自己研究ㄧ下.

即使大家等著看醫師笑話, 也無所謂. 被譴責或者評斷, 不必害怕, 該面對的終究是自己"慎獨"這一關.

中立妥協有用嗎? 也許. 不過對抗不合理的最佳方式得直接/強硬ㄧ點, 借用<<比光速還快(Faster than the speed of light)>>那本書的看法: [ 如果想扮演聯合國, 下場是兩邊的人都會向你開火.] 所以不管討論區, 媒體, 患者, 看笑話的, 袖手旁觀的, 落井下石者, 避之唯恐不及的, 冷言冷語的, "浸潤之譴", [我就知道的]......無論怎麼攻擊, 醫師的態度應該就是擇善固執, 講道理, 其餘"免講"才對.

醫療仍是充滿良善的行業, 除了臨床服務, 還有極為有趣的研究與教學工作. 所以, 最好的時代也是最壞的時代, 端視從哪個角度來看.

在這個疏離的時代, 感謝所有朋友與患者長期對我的支持與信任, 人生可貴的還是在於這種不受左右, 令人動容的誠摯光輝, 任何表象的讚美或譴責相形之下, 已變得微不足道, 由衷感謝.

君子之譽, 非所謂譽也, 其善顯焉爾. 小人之謗, 非所謂謗也, 其不善彰焉爾 ---- 柳宗元 <<謗譽>>

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DSLM multi-view time-lapse recording of zebrafish

Ingelfinger rule

PRS 2008 paper

Garrett Lisi --- 衝浪其實沒什麼不好

2重複

CHAOS

資料狂的信仰

Brownian motion, Stochastic process

生醫光電

阿卡奇亞醫生的譴責

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